Fondé en mai 2000 lors d'une assemblée de chercheurs réunis au LICEF, le CIRTA a connu son premier Conseil scientifique en juin 2000, et son premier Conseil d'administration en décembre 2000.
Le CIRTA est issu d'une initiative du Centre de recherche LICEF et de plusieurs groupes, équipes et personnes provenant de plusieurs établissements universitaires québécois, qui désiraient se regrouper à l'intérieur d'une structure commune abritant des recherches sur les technologies d'apprentissage et de gestion des connaissances et partager des activités ainsi que des ressources.
La première entente établie avec un autre centre l'a été avec le CSLP (Concordia).

En novembre 2009, lors d'une réunion du conseil scientifique de ce Centre, un groupe de travail fut mandaté pour étudier la possibilité de modifier le statut de ce regroupement afin d'en faire une structure englobante fondée sur l'idée de « communauté » faisant une plus grande place aux professionnels et praticiens du domaine, tout en y maintenant la participation active des chercheurs et des étudiants.

C'est en 2011 que ce changement au statut du CIRTA s'est concrétisé. Son acronyme s'écrit désormais CIRT@, signifiant Communauté pour l'innovation et la recherche sur les technologies dans l'enseignement/apprentissage. L'adjonction du terme enseignement au terme apprentissage dans l'expression enseignement/apprentissage vise à souligner que les deux dimensions sont prises en compte par les membres de cette communauté. Ainsi, le symbole @ maintenant utilisé dans l'acronyme CIRT@ évoque à la fois le « a » de apprentissage et le « e » de en ligne et de enseignement.

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